Это ненормальная ситуация. Если паспорт не испорчен, не изымался, а в базе указано, что он изъят и уничтожен, то это ошибка работников подразделения по вопросам миграции.
В этом случае лучше обратиться в прокуратуру с жалобой на незаконные действия сотрудников, описав в нем все, что Вам известно на момент подачи жалобы, с приложением копий документов.
Но имейте в виду, что данная консультация действительна только в том случае, если миграционным подразделением не принималось решение по поводу вашего паспорта. Не исключено, что такое решение принято, то физически Вы паспорт не передали в миграционное подразделение. Поэтому ваш паспорт может быть недействителен в силу принятия такого решения миграционным подразделением.
При рассмотрении жалобы прокуратурой, ею будет затребованы документы подтверждающие действия миграционного подразделения. Вы затем, после проверки, можете с материалами проверки познакомиться и решить как действовать дальше.