Уважаемая Марьяна!
В соответствии со ст. 220 НК РФ при продаже недвижимого имущества, находящегося в собственности менее минимального срока, установленного ст. 217.1 НК РФ продавец имеет право на получение имущественного налогового вычета в сумме 1 000 000 рублей, При этом получение Вами налогового вычета при приобретении квартиры в 2006г. в расчет не принимается, т.к. это разные основания.
Той же статьей 220 НК РФ предусмотрено, что вместо получения имущественного налогового вычета налогоплательщик вправе уменьшить сумму дохода от продаи такого имущества на величину расходов, связанных с приобретением этого имущества.
2) вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 настоящего пункта налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
Таким образом, при заполнении декларации 3 НДФЛ Вам необходимо подтвердить документально Ваши расходы по приобретению магазина. Если суммы совпадут — налоговой базы для исчисления налога не возникнет. При расхождении, необходимо будет оплатить налог с разницы