Как правомерно себя защитить перед начальницей?

Здравствуйте!

В больнице задерживают выдачу больничного с связи поздней подачей (за день до официального закрытия самого больничного) с моей стороны заявления об изменении некоторых данных. Во-первых - что с электронными больничными мой работодатель не работает (а даже и не предполагала что это всего лишь пилотный проект - меня убедили, что проблем быть не должно на работе, что я "древняя и отсталая". Ну, да ладно. В итоге я должна была требовать от Больницы официально через заявление о выдаче бумажного больничного. Во-вторых (произошла реорганизация предприятия - две компании соединились и, таким образом, из ООО "N" перешла в АО "M")- бухгалтерии сообщили: бумажный больничный лист должен быть оформлен в двух экземплярах, где один с указанием ООО "N", другой-с АО "M", с указанием соответствующих дат. В связи с этим меня в Б. Причем ждать их мне надо от 3 до 14 дней. Как мне идти на работу без больничного? Это же прогул. Начальница требует объяснительную, орет, то это незаконно. Бухгалтерия успокаивает - у вас даже есть шесть месяцев времени. В Б. мне сказали, сошлитесь на закон, ок. Начальница утверждает, что ты будешь ходить на работу и мне будет она ставить "энки" пока не получит больничный лист. Хорошо. Но потом оплатит ли мне эти дни, и как проконтролировать оплату и больничного и эти дни, за которые мне поставят прогул, а на самом деле я буду присутствовать на работе, с учетом того, что мне одной всегда задерживают квитки о начислении з/п. И постойте, а не уволят ли меня? Как быть? Мне писать объяснительную (при том что моя начальница уже как год не знает как найти причину меня уволить)? А тут такая неосмотрительность. Так облапошиться, обидно. Подскажите.