Здравствуйте, Марина.
Вам нужно ввести суммированный учет рабочего времени с учетным периодом 1-3 месяца, тогда переработанные в течение двух недель 8 часов будут складываться в один «отгул» (дополнительное время отдыха — так в законе называется).
Когда по условиям производства (работы) у индивидуального предпринимателя, в организации в целом или при выполнении отдельных видов работ не может быть соблюдена установленная для данной категории работников (включая работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда) ежедневная или еженедельная продолжительность рабочего времени, допускается введение суммированного учета рабочего времени с тем, чтобы продолжительность рабочего времени за учетный период (месяц, квартал и другие периоды) не превышала нормального числа рабочих часов. Учетный период не может превышать один год, а для учета рабочего времени работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, — три месяца.
Нормальное число рабочих часов за учетный период определяется исходя из установленной для данной категории работников еженедельной продолжительности рабочего времени. Для работников, работающих неполный рабочий день (смену) и (или) неполную рабочую неделю, нормальное число рабочих часов за учетный период соответственно уменьшается.
Порядок введения суммированного учета рабочего времени устанавливается правилами внутреннего трудового распорядка.
ст. 104, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 20.12.2017)
Конечно, у вас не совсем условиями производства вызвана необходимость ввести такой учет, но по крайней мере вам можно сослаться на удаленность места работы от места жительства работника, его труднодоступность и соблюдение интересов работников, которые не теряют зря время в ожидании транспорта.
