Могут ли мне отказать в прописке без домовой книги?

здравствуйте согласно п.16 Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713

«Об утверждении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации и перечня лиц, ответственных за прием и передачу в органы регистрационного учета документов для регистрации и снятия с регистрационного учета граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации»

Гражданин, изменивший место жительства, обязан не позднее 7 дней со дня прибытия на новое место жительства обратиться к лицам, ответственным за прием и передачу в органы регистрационного учета документов, и представить:

документ, удостоверяющий личность;

заявление установленной формы о регистрации по месту жительства;
документ, являющийся в соответствии с жилищным законодательством Российской Федерации основанием для вселения в жилое помещение.

В случае отсутствия жилищно-эксплуатационных организаций при заселении жилых помещений, принадлежащих на праве собственности гражданам или юридическим лицам, указанные документы представляются этим гражданам или представителю юридического лица, на которого возложены обязанности по контролю за использованием жилых помещений.
Гражданин вправе не предъявлять документ, являющийся основанием для вселения гражданина в жилое помещение (договор социального найма, договор найма жилого помещения государственного или муниципального жилищного фонда, прошедшие государственную регистрацию договор или иной документ, выражающие содержание сделки с недвижимым имуществом, свидетельство о государственной регистрации права на жилое помещение либо иной документ), если сведения, содержащиеся в соответствующем документе, находятся в распоряжении государственных органов или органов местного самоуправления. 

В данном случае, если Вы ранее были зарегистрированы, то данная информация имеется в органах внутренних дел (паспортом столе). Вы можете обратиться в ОВД отдел регистрационного учёта с заявлением об проставлении регистрации в паспорте, если у них нет информации о Вашей регистрации, то Вы вправе вновь зарегистрироваться для этого необходимо прибыть с собственником жилья в ОВД и предоставить необходимые документы 

Здравствуйте Наталья!

Согласно п. 129. Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации (Приказ МВД России от 13 ноября 2017 г. N 851) сведения, представленные гражданином, обратившимся за выдачей или заменой паспорта, подлежат проверке по оперативно-справочным и розыскным учетам информационных центров территориальных органов МВД России на региональном уровне на предмет выявления лиц, находящихся в розыске либо пропавших без вести.
Согласно п. 130 Административного регламента проверке подлежат следующие сведения, представленные гражданином, обратившимся за выдачей или заменой паспорта:
По базе данных ведомственного сегмента МВД России системы «Мир»:
О подтверждении тождественности лица, изображенного на фотографии, представленной гражданином, и фотографии, содержащейся в графическом отображении заявления о выдаче (замене) паспорта, если ранее выданный паспорт выдавался иным подразделением по вопросам миграции (при замене паспорта).
О действительности регистрации по месту жительства (по месту пребывания).
Согласно п. 159 Оттиск штампа о регистрации по месту жительства сотрудником проставляется в паспорте только в отношении действующей регистрации по месту жительства.
Скорее всего произошла либо ошибка и отметка не была проставлена по технической ошибке либо на момент выдачи нового паспорт не поступило подтверждение о вашей регистрации по месту жительства.
И в том и другом случае Вам необходимо обратиться в тоже подразделение МВД по вопросам миграции где Вам был выдан новый паспорт.