Уважаемая Аржана!
В Вашем случае действует общий срок исковой давности — 3 года. За этот период Вы можете взыскать с Ответчика долги, обосновав это соответствующими документами, в том числе подписанным с обеих сторон актом сверки.
Относительно неустойки скажу: во-первых, вероятно она прописана в договоре. Посмотрите в разделе «Ответственность сторон» или «Обязанности сторон». Если там предусмотрен процент или фиксированный размер неустойки (штрафа, пени и проч.), то считайте ее и предъявляйте в основном иске исходя из условий договора. Во-вторых, если договором взыскание неустойки не предусмотрено (что маловероятно), рассчитывайте ее по 395 статье ГК РФ. В-третьих, исходя из практики, суд удовлетворяет требования о взыскании неустойки только с того момента, когда должнику было предъявлены в оплату счета (то есть, когда он был уведомлен о необходимости платить), и этому есть письменное подтверждение. В Вашем случае, со дня, следующего за днем подписания акта сверки, или с более раннего срока, если счета в оплату передавались по акту приема-передачи или под роспись. Если после подписания акта сверки у должника возникали еще какие-то долговые обязательства перед Вами, Вам необходимо письменно предъявить требование об их уплате, передача счетов тоже должна осуществляться с подтверждением того, что должник их получил конкретно в этот день (подпись уполномоченного лица, дата на копиях счетов). И именно со следующего дня суд взыщет по Вашему требованию неустойку. В-четвертых, почитайте внимательно договор. Если в нем указано, что требование о выплате неустойки должно быть предъявлено письменно, а Вы в такой форме требования к должнику не предъявляли, то суд не взыщет с него неустойку, потому что Вами не соблюден порядок письменной формы требования.
Удачи Вам в суде!