Здравствуйте, Ольга! Договор мены это одновременная покупка и продажа:
ГК РФ Статья 567. Договор мены
1. По договору мены каждая из сторон обязуется передать в собственность другой стороны один товар в обмен на другой.
2. К договору мены применяются соответственно правила о купле-продаже (глава 30), если это не противоречит правилам настоящей главы и существу мены. При этом каждая из сторон признается продавцом товара, который она обязуется передать, и покупателем товара, который она обязуется принять в обмен.
Стоимость данных квартир Вы определяете самостоятельно, хоть среднюю, хоть высокую (несмотря на то, что они по кадастру неравноценны), если эти квартиры находятся в собственности более 5 лет (Вы уже ранее указывали, что обе квартиры находятся в собственности более 6 лет), в этому случае налог все равно платить не требуется.