У Вас вообще не имели права удерживать сумму излишне выплаченной заработной платы из-за сбоя программы, в том числе с Вашего согласия. Единственным способ получить обратно эти деньги от Вас для работодателя был возврат их Вами лично уже после получения зарплаты.
Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.
Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:
для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;
для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;
для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);
при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса.
Ст. 137 ТК РФ.
Счетная ошибка — это ошибка, допущенная в результате неверных арифметических действий (см. определение СК по гражданским делам Верховного Суда РФ от 20 января 2012 г. N 59-В11-17). Сбои компьютерных программ счетными ошибками в судебной практике чаще всего не признаются (см., например, апелляционное определение Московского городского суда от 10 февраля 2014 N 33-803/14).
Таким образом, Вы можете оспорить правомерность удержания работодателем не только этих непонятно откуда взявшихся 10000, но и всей остальной суммы.