Добрый день Наталья.
Гражданско-правовой договор не должен содержать слова «отработанное время», «заработная плата» и т.д. так как по данным основаниям он может быть признан трудовым договором, что для Вас я так понимаю совершенно не выгодно.
В договоры ГПХ включают фиксированные суммы т.е. например 35 рублей с учётом НДФЛ за один час оказаных услуг. Следующий пункт «Вознаграждение выплачивается Исполнителю 30 числа каждого месяца, основанием выплаты вознаграждения является подписанный акт оказанных услуг».
Закон говорит о том, что Заказчик обязан оплатить услуги в сроки и в порядке, которые указанны в договоре. Вы оплатили услуги согласно условий договора. Вот только вопрос в другом с какими требованиями водитель обратиться в суд (о признании договора ГПХ Трудовым договором — тогда есть риск проиграть, если только с взысканием задолженности по договору так в этой части ваши действия по оплате правомерны)
Но все таки советую договор изменить, дабы более не возникала такая проблема.