Думаю, что указанные Вами негативные последствия не могут наступить в связи с исполнением Вами требований Федерального Закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «Об обществах с ограниченной ответственностью» и Гражданского Кодекса РФ в 2005 г.
ГК РФ:
Статья 90. Уставный капитал общества с ограниченной ответственностью
1. Уставный капитал общества с ограниченной ответственностью (статья 66.2) составляется из номинальной стоимости долей участников.
2. Не допускается освобождение участника общества с ограниченной ответственностью от обязанности оплаты доли в уставном капитале общества.
3. Уставный капитал общества с ограниченной ответственностью оплачивается его участниками в сроки и в порядке, которые предусмотрены законом об обществах с ограниченной ответственностью.
Последствия нарушения участниками общества сроков и порядка оплаты уставного капитала общества определяются законом об обществах с ограниченной ответственностью.
ФЗ № 14
Статья 15:
1. Оплата долей в уставном капитале общества может осуществляться деньгами, ценными бумагами, другими вещами или имущественными правами либо иными имеющими денежную оценку правами.
Статья 16. Порядок оплаты долей в уставном капитале общества при его учреждении
1. Каждый учредитель общества должен оплатить полностью свою долю в уставном капитале общества в течение срока, который определен договором об учреждении общества или в случае учреждения общества одним лицом решением об учреждении общества. Срок такой оплаты не может превышать четыре месяца с момента государственной регистрации общества. При этом доля каждого учредителя общества может быть оплачена по цене не ниже ее номинальной стоимости.
Не допускается освобождение учредителя общества от обязанности оплатить долю в уставном капитале общества.
3. В случае неполной оплаты доли в уставном капитале общества в течение срока, определяемого в соответствии с пунктом 1 настоящей статьи, неоплаченная часть доли переходит к обществу. Такая часть доли должна быть реализована обществом в порядке и в сроки, которые установлены статьей 24 настоящего Федерального закона.
Договором об учреждении общества может быть предусмотрено взыскание неустойки (штрафа, пени) за неисполнение обязанности по оплате долей в уставном капитале общества.
Доля учредителя общества, если иное не предусмотрено уставом общества, предоставляет право голоса только в пределах оплаченной части принадлежащей ему доли.
В ВАшем случае сам по себе факт несвоевременной оплаты доли уставного капитала более 10 лет назад не является основанием для признания сделок (сделки) недействительной по признаку оспоримости или применения последствий недействительности ничтожной сделки.