Регистрирующий орган проверяет достоверность представленной заявителями информации.
На практике регистрирующий орган до совершения действий по регистрации ООО проверяет достоверность адреса (сотрудник налоговой приезжает по адресу).
Вы сами пишете причину отказа «не установлено нахождение помещения с указанным в заявлении номером». Причина не связана с нахождением или ненахождением Е.И.О по указанному адресу, а связана с отсутствием по адресу указанного в документах помещения.
В случае заключения предварительного договора аренды или при наличии устных договоренностей с собственником помещения, необходимо договариваться о подтверждении собственником заключения договора аренды в будущем с регистрируемым ООО в случае проверки регистрирующим органом места нахождения.
И информация об адресе, указанная в заявлении на регистрацию ООО, должна соответствовать документам, представленным собственником помещения.