Возникнут ли вопросы у налоговой, когда через эквайринг будут проходить суммы по 5 миллионов рублей?

Максим добрый день!

В части ФНС:

Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 25 марта 2013 г. N 03-11-12/36 О применении патентной системы налогообложения в отношении предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли

Министерство финансов РФ письмом от 06.12.2012 N 03-11-11/362 разъяснило, что индивидуальный предприниматель, осуществляющий розничную торговлю в соответствии с требованиями главы 26.5 НК РФ, имеет право использовать как наличные, так и безналичные формы расчетов с соблюдением установленных законодательством Российской Федерации требований.

В соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации, в случае продажи товара покупателю — физическому лицу выдается кассовый чек (товарный чек, квитанция или другой документ), при покупке товара клиентом — юридическим лицом, ему выписывается в том числе товарная накладная.

ГАРАНТ.РУ: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/7024965

НК РФ Статья 346.45. Порядок и условия начала и прекращения применения патентной системы налогообложения
6. Налогоплательщик считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения (на упрощенную систему налогообложения, на систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (в случае применения налогоплательщиком соответствующего режима налогообложения) с начала налогового периода, на который ему был выдан патент, в случае:
 1) если с начала календарного года доходы налогоплательщика от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 настоящего Кодекса, по всем видам предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения, превысили 60 млн. рублей;

Но в в вашем случае проблемы возникнут скорее всего с банком:

планируется принимать банковские карты для оплаты, с последующим снятием сумм. 

Федеральный закон от 07.08.2001 N 115-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма»
Статья 7. Права и обязанности организаций, осуществляющих операции с денежными средствами или иным имуществом

11. Организации, осуществляющие операции с денежными средствами или иным имуществом, вправе отказать в выполнении распоряжения клиента о совершении операции, за исключением операций по зачислению денежных средств, поступивших на счет физического или юридического лица, иностранной структуры без образования юридического лица, по которой не представлены документы, необходимые для фиксирования информации в соответствии с положениями настоящего Федерального закона, а также в случае, если в результате реализации правил внутреннего контроля в целях противодействия легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма у работников организации, осуществляющей операции с денежными средствами или иным имуществом,возникают подозрения, что операция совершается в целях легализации (отмывания) доходов, полученных преступным путем, или финансирования терроризма.
(в ред. Федеральных законов от 28.06.2013 N 134-ФЗ, от 30.12.2015 N 424-ФЗ)