Где обжаловать решение об отказе о включении в реестр пострадавших граждан?

Обращаться в Вашем случае можно только в суд с требованием об обжаловании ненормативного правового акта органа власти и признании его недействительным. Срок обращения с таким требованием — три месяца со дня, когда Вы узнали или должны были узнать о нарушении своего права.

Основание оспаривания решения органа власти (Департамента строительства) является ст. 218 Кодекса административного судопроизводства:

1. Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменационной комиссии), должностного лица, государственного или муниципального служащего (далее — орган, организация, лицо, наделенные государственными или иными публичными полномочиями), если полагают, что нарушены или оспорены их права, свободы и законные интересы, созданы препятствия к осуществлению их прав, свобод и реализации законных интересов или на них незаконно возложены какие-либо обязанности. Гражданин, организация, иные лица могут обратиться непосредственно в суд или оспорить решения, действия (бездействие) органа, организации, лица, наделенных государственными или иными публичными полномочиями, в вышестоящие в порядке подчиненности орган, организацию, у вышестоящего в порядке подчиненности лица либо использовать иные внесудебные процедуры урегулирования споров.

Обращаться надо в суд общей юрисдикции.