Здравствуйте, Иван! Госпошлина — эта плата за совершение юридически значимых действий. Если Роспатент их выполнил, то госпошлина не подлежит возврату.
В случае оплаты госпошлины за «Регистрация заявки на регистрацию товарного знака, знака обслуживания и принятие решения по результатам формальной экспертизы», то это одно юридически значимое действие. Как может следовать из Вашего вопроса, Роспатент отказал в регистрации заявки на регистрацию товарного знака, т.е. принял решение. А значит, при регистрации повторной заявки надо будет снова оплачивать госпошлину.
Если Вы оплатили госпошлину за «Регистрация товарного знака и выдача свидетельства на него», то данное действие Роспатентом не выполнено, а значит, повторно госпошлина за него не уплачивается
Постановление Правительства РФ от 10.12.2008 N 941 (ред. от 22.03.2016) «Об утверждении Положения о патентных и иных пошлинах за совершение юридически значимых действий, связанных с патентом на изобретение, полезную модель, промышленный образец, с...
2. Действия, связанные с государственной регистрацией товарного знака и знака обслуживания, с государственной регистрацией и предоставлением исключительного права на наименование места происхождения товара
2.1.Регистрация заявки на регистрацию товарного знака, знака обслуживания (далее — заявка на товарный знак) и принятие решения по результатам формальной экспертизы
...
2.7.
Регистрация товарного знака и выдача свидетельства на него
удачи)