Налогообложение при продаже нежилого помещения

Разъяснения Минфина, из них видно, что смена статуса с жилого на нежилое не делает данное помещение новым поэтому как я указал затраты на покупку квартиры вы сможете учесть в расходах и снизить налогооблагаемый доход от ее продажи как уже нежилого помещения, при этом затраты на реконструкцию в состав расходов Вы включить не сможете. Это все применительно к НДФЛ если вы не подавали на УСН

Письмо Минфина России от 28.10.2013 N 03-04-05/45695

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел обращение по вопросу обложения налогом на доходы физических лиц при продаже недвижимого имущества, переведенного из жилого помещения в нежилое, и в соответствии со ст. 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) разъясняет следующее.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Согласно положениям Постановления Правительства Российской Федерации от 18.02.1998 N 219 «Об утверждении Правил ведения Единого государственного реестра прав на недвижимое имущество и сделок с ним» изменение назначения объекта при переводе жилого помещения в нежилое не влечет за собой существенного изменения объекта, а также прекращения или перехода права на него.
Учитывая изложенное, поскольку нежилое помещение находилось в собственности налогоплательщика более трех лет, то независимо от изменения назначения объекта доходы, полученные от продажи указанного имущества, не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.

Разъяснения Минфина по поводу НДС, опять же, если Вы не подавали на УСН

Письмо Минфина России от 21.10.2015 N 03-07-14/60413

В связи с обращением по вопросу применения налога на добавленную стоимость при реализации нежилого помещения индивидуальным предпринимателем, применяющим патентную систему налогообложения, Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики сообщает.
В соответствии с главой 26.5 «Патентная система налогообложения» Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) данная система налогообложения применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
Подпунктом 2 статьи 346.43 Кодекса установлены виды предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения. При этом операции по реализации нежилых помещений в данном подпункте не поименованы.
В соответствии с пунктом 11 статьи 346.43 Кодекса индивидуальные предприниматели, применяющие патентную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых не применяется патентная система налогообложения.Таким образом, индивидуальный предприниматель, применяющий патентную систему налогообложения, при реализации нежилого помещения обязан исчислить налог на добавленную стоимость в общеустановленном порядке.