Как быть, если опоздал с датой прибытия в отпускном билете?

Указ Президента РФ от 10.11.2007 N 1495 (ред. от 16.05.2017) «Об утверждении общевоинских уставов Вооруженных Сил Российской Федерации» (вместе с «Уставом внутренней службы Вооруженных Сил Российской Федерации», «Дисциплинарным уставом Вооруженных...Приложение N 13

к Уставу гарнизонной и караульной
служб Вооруженных Сил
Российской Федерации
(к статьям 20, 24.1, 38.1)
 
ПОРЯДОК
УЧЕТА ВОЕННОСЛУЖАЩИХ, НАХОДЯЩИХСЯ В КОМАНДИРОВКЕ
И ОТПУСКЕ, И ВОИНСКИХ ЧАСТЕЙ ГАРНИЗОНА

1. По прибытии к месту командировки или отпуска каждый военнослужащий должен встать на учет у дежурного по военной комендатуре (в ближайшем военном комиссариате), а перед убытием к месту службы сняться с учета.
(в ред. Указов Президента РФ от 25.03.2015 N 161, от 16.05.2017 N 210)

(см. текст в предыдущей редакции)

При удалении места пребывания военнослужащего от военной комендатуры или военного комиссариата свыше 10 км военнослужащий может встать на учет (сняться с учета) в органах государственной власти или органах местного самоуправления.
(в ред. Указов Президента РФ от 25.03.2015 N 161, от 16.05.2017 N 210)

(см. текст в предыдущей редакции)

Военнослужащие, командированные в воинскую часть, становятся на учет в этой воинской части.
При постановке на учет и снятии с учета на командировочном удостоверении или на отпускном билете делается соответствующая отметка. Отметка о прибытии должна быть сделана не позднее следующего дня после прибытия, а об убытии — накануне или в день отъезда.
2. Офицеры от полковника и выше о своем прибытии и убытии могут сообщать дежурному по военной комендатуре или военному комиссару по телефону или письменно, а командировочное удостоверение или отпускной билет для отметки даты прибытия и убытия направлять ему с нарочным.
(в ред. Указов Президента РФ от 25.03.2015 N 161, от 16.05.2017 N 210)

(см. текст в предыдущей редакции)

Военнослужащие, находящиеся в отпуске, могут прибывать к дежурному по гарнизону или в военный комиссариат в гражданской одежде.
(в ред. Указа Президента РФ от 25.03.2015 N 161)

(см. текст в предыдущей редакции)

3. Все военнослужащие во время нахождения в отпуске или в командировке обязаны иметь отпускной билет или командировочное удостоверение при себе и предъявлять его по требованию начальников и старших. В случае перемены адреса, получения разрешения на продление отпуска или срока командировки, болезни или по другим причинам, задерживающим своевременный выезд, военнослужащие должны немедленно сообщать об этом дежурному по военной комендатуре или в военный комиссариат или органы государственной власти и органы местного самоуправления (где встали на учет).
(в ред. Указов Президента РФ от 25.03.2015 N 161, от 16.05.2017 N 210)

(см. текст в предыдущей редакции)

4. Для учета военнослужащих, прибывающих в отпуск или командировку, дежурным по военной комендатуре (в военном комиссариате) ведется книга учета военнослужащих по следующей форме:

Таким образом, Вы должны были отметится не позднее следующего дня после прибытия, но это не такое строгое нарушение, главное, что Вы действительно были в этом городе. Вопрос что за этим последует — будет решать командование.