Добрый день, Оксана
статья 75 ТК РФ устанавливает
Изменение подведомственности (подчиненности) организации или ее реорганизация (слияние, присоединение, разделение, выделение, преобразование) либо изменение типа государственного или муниципального учреждения не может являться основанием для расторжения трудовых договоров с работниками организации или учреждения.
В Вашем случае была реорганизация в форме преобразования. Соответственно трудовые отношения должны быть продолжены на прежних условиях: задолженность остается.
Что касаемо изменения системы оплаты труда, то
Статья 74. Изменение определенных сторонами условий трудового договора по причинам, связанным с изменением организационных или технологических условий
В случае, когда по причинам, связанным с изменением организационных или технологических условий труда (изменения в технике и технологии производства, структурная реорганизация производства, другие причины), определенные сторонами условия трудового договора не могут быть сохранены, допускается их изменение по инициативе работодателя, за исключением изменения трудовой функции работника.
О предстоящих изменениях определенных сторонами условий трудового договора, а также о причинах, вызвавших необходимость таких изменений, работодатель обязан уведомить работника в письменной форме не позднее чем за два месяца, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом.
те. работодатель вправе изменить условия оплаты труда при соблюдении процедуры (уведомления работников в письменной форме за 2 месяца, предложение иных вакансии при отказе и тп) и при условии, что эти изменения были вызваны изменением организационных или технологических условий труда.
при несоблюдении этих условий можно обратиться в трудовую инспекцию с жалобой на нарушение прав