Можно ли сделать дубликат свидетельства регистрации, если на ТС наложен запрет?

В получении дубликата свидетельства не должно быть проблем, так как при этом никаких регистрационных действий не производится.

Федеральный закон от 2 октября 2007 г. N 229-ФЗ «Об исполнительном производстве» (с изменениями и дополнениями)
 Глава 7. Исполнительные действия. Меры принудительного исполнения 

5) наложение ареста на имущество должника, находящееся у должника или у 
 третьих лиц, во исполнение судебного акта об аресте имущества;