Здравствуйте, Екатерина! Для ответа на Ваш вопрос представляется целесообразным ссылка на Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 7 ноября 2011 г. N 03-04-05/9-858 О предоставлении имущественного налогового вычета по НДФЛ в сумме, направленной на погашение процентов по кредиту, израсходованному на покупку квартиры:
Расходы на уплату заемщиком процентов по договору целевого займа (кредита) являются платой за пользование денежными средствами, то есть, связаны с приобретением квартиры за счет этих средств и, соответственно, связаны с получением доходов от их продажи.
Исходя из изложенного расходы на погашение процентов по целевым займам (кредитам), фактически израсходованным на приобретение квартиры, могут быть учтены в расходах, уменьшающих налоговую базу по налогу на доходы физических лиц в соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса.
Т.е. доход, полученный от реализации ипотечной квартиры в размере 3 млн. руб. — 2 млн. 900 тыс. руб. = 100 тыс. руб. Вы можете уменьшить на сумму процентов, уплаченных по ипотечному кредиту. Оставшаяся сумма подлежит налогообложению 13 %.