Здравствуйте, Иван!
Вы пишете: "Хочу сделать загран.паспорт. В этом году закончил бакалавриат и собираюсь поступать в магистратуру. Не будет ли проблем с военкоматом при подачи документов на создание загран. паспорта?"
При получении заграничного паспорта для Вас проблем быть не должно, а вот для выезда за пределы России нужно обратиться в военкомат и информировать об этом. Иначе они могут расценить Ваш выезд, как желание уклониться от прохождения военной и альтернативной гражданской службы, что является преступлением, предусмотренным ст. 328 УК РФ,