Могу ли я в судебном порядке добиться замены ВИ на сертификат?

Нет, не можете, так как относитесь к категории военнослужащих, которые подлежат включению в реестр участников НИС в обязательном порядке.

ст. 9 ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»:

2. Основанием для включения военнослужащего федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, в реестр участников является:

1) для лиц, окончивших военные профессиональные образовательные организации или военные образовательные организации высшего образования и заключивших первый контракт о прохождении военной службы после 1 января 2005 года, — получение первого воинского звания офицера;

...

14) для военнослужащих, поступивших в добровольном порядке на военную службу из запаса, если они были исключены из реестра участников и не получили выплату денежных средств, указанных в пункте 3 части 1 статьи 4 настоящего Федерального закона, или не воспользовались правом стать участниками накопительно-ипотечной системы, — заключение нового контракта о прохождении военной службы;

Есть еще одно положение, закреплено в части 7.1 ст. 5 вышеуказанного закона:

7.1. На именных накопительных счетах участников, которые были исключены из реестра участников в связи с увольнением с военной службы по основаниям, предусмотренным подпунктами «б», «в», «г» и «к» пункта 1, подпунктами «а», «б» и «ж» пункта 2, пунктами 3 и 6 статьи 51 Федерального закона от 28 марта 1998 года N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», у которых при этом не возникло право на использование накоплений для жилищного обеспечения по основаниям, предусмотренным пунктом 2 статьи 10 настоящего Федерального закона, и которые были включены в реестр участников по основанию, предусмотренному пунктом 14 части 2 статьи 9 настоящего Федерального закона, учитываются денежные средства в размере накоплений для жилищного обеспечения, учтенных на именных накопительных счетах участников на день возникновения оснований для исключения их из реестра участников.

Но в связи с тем, что 32-ФЗ от 7 марта 2017 года, дополнивший закон данной нормой, вступил в силу с 18 марта сего года и в нем не указано, что его действие распространяется на ранее возникшие отношения, то в настоящее время органы жилищного обеспечения считают, что накопления уволенным до его вступления в силу военнослужащим не должны восстанавливаться. 

Далее покажет судебная практика или это положение распространят на ранее уволенных военнослужащих, так как на лицо нарушение их прав в части жилищного обеспечения, та как вы уже потеряли накоплений приблизительно за пять лет. 

Если все же не получится восстановить, то возможно суды встанут на сторону обязательных участников НИС и разрешат им менять форму жилищного обеспечения.