Оплата проезда к месту отдыха и обратно, по истечении пяти месяцев

Здравствуйте, Наталья.

Полагаю, что даже если в ЛНА организации (или если организацияю бюджетная 0 НПА соответствующего уровня) установлен срок обращения за выплатой такой компенсации, то пропуск работником такого срока не может быть основанием для отказа в выплате, так как она носит компенсационный характер и не может утрачиваться, если на это прямо не указано в законе.

Лица, работающие в организациях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, имеют право на оплату один раз в два года за счет средств работодателя стоимости проезда и провоза багажа в пределах территории Российской Федерации к месту использования отпуска и обратно. Право на компенсацию указанных расходов возникает у работника одновременно с правом на получение ежегодного оплачиваемого отпуска за первый год работы в данной организации.
ст. 325, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 01.05.2017) {КонсультантПлюс}

А поскольку есть общий срок давности для обращения в суд по спорам о выплатах

За разрешением индивидуального трудового спора о невыплате или неполной выплате заработной платы и других выплат, причитающихся работнику, он имеет право обратиться в суд в течение одного года со дня установленного срока выплаты указанных сумм, в том числе в случае невыплаты или неполной выплаты заработной платы и других выплат, причитающихся работнику при увольнении.
ст. 392, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 01.05.2017) {КонсультантПлюс}

как минимум, этот срок начинает течь с момента, когда работнику в выплате будет отказано, как максимум — с момента возвращения из отпуска.