Положение о порядке прохождения военной службы (утверждено Указом Президента Российской Федерации от 16 сентября 1999 г. N 1237 «Вопросы прохождения военной службы»
Статья 29. Порядок предоставления основного отпуска
1. Военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, основной отпуск предоставляется ежегодно на основании приказа командира воинской части.
По их просьбе основной отпуск может быть предоставлен им по частям. При этом продолжительность одной части не может быть менее 15 суток.
Таким образом, отпуск может разделен только по просьбе военнослужащих, но не по желанию командира воинской части. Можете не соглашаться идти в часть отпуска, тогда пойдете позже целиком.