Здравствуйте, Александр!
На мой взгляд вам нужно до конца идти по тому пути, который выбрали. Вы определили, что данный объект недвижимости используется вами в предпринимательской деятельности. При продаже вы заплатили 6% на УСН, если я правильно понял.
На основании п.3 ст.346.11 НК РФ вы освобождены от НДФЛ по своим предпринимательским доходам. А значит, вы не должны платить этот налог и подавать декларацию по нему в части доходов, отнесенных к предпринимательским.
Статья 346.11. Общие положения1. Упрощенная система налогообложения организациями и индивидуальными предпринимателями применяется наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
3. Применение упрощенной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на доходы физических лиц (в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности, за исключением налога, уплачиваемого с доходов в виде дивидендов, а также с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 2 и 5 статьи 224 настоящего Кодекса), налога на имущество физических лиц (в отношении имущества, используемого для предпринимательской деятельности, за исключением объектов налогообложения налогом на имущество физических лиц, включенных в перечень, определяемый в соответствии с пунктом 7 статьи 378.2 настоящего Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных абзацем вторым пункта 10 статьи 378.2 настоящего Кодекса). Индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 настоящего Кодекса.
Конечно, игнорировать обращение налоговой не стоит. Нужно написать письмо именно со ссылками на эту приведенную статью НК РФ о том, что вы освобождены от обязанностей налогоплательщика по НДФЛ.
Если все-таки налоговая в дальнейшем будет настаивать на том, что эту продажу нужно обложить НДФЛ 13%, то можно рассмотреть этот вариант. В этом случае вы можете заявить расходы на приобретение этого объекта и налог платить с разницы.
Соответственно, уплаченный налог УСН 6% вам должны будут вернуть.