Доброе утро!
Необходимо сначала определится у вас совместительство или совмещение должностей. В соответствии со статьёй 282 ТК РФ совместительство — выполнение работником другой регулярной оплачиваемой работы на условиях трудового договора в свободное от основной работы время.
Работа по совместительству может выполняться работником как по месту его основной работы (вгутреннее), так и у других работодателей (внешнее).
В трудовом договоре обязательно указание на то, что работа является совместительством.
Что касается совмещение должностей, то в соответствии со статьёй 60.2 ТК РФ
С письменного согласия работника ему может быть поручено выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня (смены) наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату (статья 151 настоящего Кодекса).
Таикм образом, если у вас совместительство, то в соответствии со статьёй 286 ТК РФ лицам, работающим по совместительству, ежегодные оплачиваемые отпуска предоставляются одновременно с отпуском по основной работ (и соответственно отпуск оплачивается и по основному месту работы и по совместительству). Если на работе по совместительству работник не отработал шести месяцев, то отпуск предоставляется авансом.
Если на работе по совместительству продолжительность ежегодного оплачиваемого отпуска работника меньше, чем продолжительность отпуска по основному месту работы, то работодатель по просьбе работника предоставляет ему отпуск без сохранения заработной платы соответствующей продолжительности.
Если же у вас совмещение должностей, то отпуск должен быть предоставлен и оплачен исходя из зарплаты и доплаты за совмещение. Таким образом ваш кадровик (бухгалтер) не прав, поговорите с ним и сошлитесь на приведённые нормы права, думаю уже после этого последуют исправления начислений.