Можно ли попасть под амнистию в двух разных городах?

Если по иным критериям подпадает под неё человек, то возможно. Ограничения по амнистии приведены в предпоследнем (13) пункте постановления.

13. Не распространять действие настоящего Постановления:
1) на осужденных, совершивших преступления, предусмотренные статьями 64, 65, 66 и 67, частями первой и второй статьи 672, статьями 69, 701, 71, 72, 74, 77, 771, 772, 78, 79, 86, 87, 102, 103, 108, 117, 121, 1251, 1252 и 1261, частью третьей статьи 144, частями второй и третьей статьи 145, статьей 146, частями второй и третьей статьи 147, статьей 1472, частями третьей, четвертой и пятой статьи 148, частями третьей и четвертой статьи 1481, статьей 173, частью второй статьи 176, статьей 1762, частью второй статьи 180, статьями 188, 1912 и 1915, частью третьей статьи 206, статьями 2132 и 2133, частью первой статьи 218, статьей 2181, частями первой и второй статьи 224, статьей 2241, частью второй статьи 2242, частью второй статьи 225, частью второй статьи 2251, статьей 2261, пунктами «б» и «в» статьи 240, статьей 242, пунктом «в» статьи 244, пунктами «б» и «в» статьи 260 Уголовного кодекса РСФСР;
2) на осужденных, совершивших преступления, предусмотренные статьями 105 и 111, частью второй статьи 117, частью третьей статьи 122, статьей 126, частью третьей статьи 127, статьями 1271 и 1272, частью второй статьи 128, статьями 131, 132, 133, 134 и 135, частями второй, третьей и четвертой статьи 150, частью третьей статьи 151, частями третьей и четвертой статьи 158, частями третьей и четвертой статьи 159, частью четвертой статьи 1591, частью четвертой статьи 1592, частью четвертой статьи 1593, частью третьей статьи 1594, частью четвертой статьи 1595, частью четвертой статьи 1596, частями третьей и четвертой статьи 160, частями второй и третьей статьи 161, статьей 162, частями второй и третьей статьи 163, статьей 164, частями третьей и четвертой статьи 166, частью четвертой статьи 174, частью четвертой статьи 1741, статьей 186, частью третьей статьи 189, частью второй статьи 201, статьями 205, 2051, 2052, 2053, 2054, 2055, 206, 207, 208, 209, 210 и 211, частями первой, второй и четвертой статьи 212, частями второй и третьей статьи 213, частью второй статьи 214, частями второй и третьей статьи 221, частями второй и третьей статьи 222, частями второй и третьей статьи 2221, частями первой, второй и третьей статьи 223, статьями 2231, 226 и 2261, частями второй и третьей статьи 227, частями второй и третьей статьи 228, статьей 2281, частью второй статьи 2284, статьями 229 и 2291, частями второй и третьей статьи 230, частью второй статьи 231, статьей 232, частью третьей статьи 234, частью третьей статьи 2341, частями второй и третьей статьи 2381, частями второй и третьей статьи 240, статьей 2401, частями второй и третьей статьи 241, частями второй и третьей статьи 242, статьями 2421, 2422, частью второй статьи 244, частями четвертой, пятой и шестой статьи 264, статьями 275, 276, 277, 278, 279, 281, 282, 2821, 2822, частью второй статьи 2823, частью третьей статьи 285, частями второй и третьей статьи 286, статьями 290, 291, 2911, 295, 296, 299 и 300, частью третьей статьи 301, статьей 313, частью третьей статьи 314, статьями 317, 318 и 321, частью второй статьи 3221, статьей 329, частью второй статьи 333, частями второй и третьей статьи 335, статьями 353, 354, 3541, 355, 356, 357, 358, 359 и 360 Уголовного кодекса Российской Федерации;
3) на осужденных, признанных в соответствии с Уголовным кодексом РСФСР особо опасными рецидивистами или совершивших преступления при особо опасном рецидиве в соответствии с Уголовным кодексом Российской Федерации;
4) на осужденных, вновь совершивших умышленные преступления в местах лишения свободы;
5) на лиц, освобождавшихся после 2005 года от наказания в порядке помилования или в соответствии с актами об амнистии и вновь совершивших умышленные преступления;
6) на осужденных, являющихся злостными нарушителями установленного порядка отбывания наказания.