В каких случаях проводится внеплановая проверка на предприятии, на каком основании?

В органах прокуратуры свое правовое регулирование проверок.

Вы вправе обжаловать действия прокурора по мотивам подмены ими Государственной инспекции по труду, которая должна заниматься контролем за соблюдением трудового законодательства.

Федеральный закон от 17.01.1992 N 2202-1
(ред. от 07.03.2017)
«О прокуратуре Российской Федерации»
Статья 21. Предмет надзора
1. Предметом надзора являются:
соблюдение Конституции Российской Федерации и исполнение законов, действующих на территории Российской Федерации, федеральными органами исполнительной власти, Следственным комитетом Российской Федерации, представительными (законодательными) и исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, органами военного управления, органами контроля, их должностными лицами, субъектами осуществления общественного контроля за обеспечением прав человека в местах принудительного содержания и содействия лицам, находящимся в местах принудительного содержания, а также органами управления и руководителями коммерческих и некоммерческих организаций;
соответствие законам правовых актов, издаваемых органами и должностными лицами, указанными в настоящем пункте.
2. При осуществлении надзора за исполнением законов органы прокуратуры не подменяют иные государственные органы. Проверка исполнения законов проводится на основании поступившей в органы прокуратуры информации о фактах нарушения законов, требующих принятия мер прокурором, в случае, если эти сведения нельзя подтвердить или опровергнуть без проведения указанной проверки.
3. Решение о проведении проверки принимается прокурором или его заместителем и доводится до сведения руководителя или иного уполномоченного представителя проверяемого органа (организации) не позднее дня начала проверки. В решении о проведении проверки в обязательном порядке указываются цели, основания и предмет проверки.
В случае, если в ходе указанной проверки получены сведения, указывающие на наличие в деятельности проверяемого органа (организации) иных нарушений законов, требующих принятия мер прокурором, подтвердить или опровергнуть которые невозможно без проведения проверки, прокурор или его заместитель принимает мотивированное решение о расширении предмета указанной проверки или решение о проведении новой проверки и доводит принятое решение до сведения руководителя или иного уполномоченного представителя проверяемого органа (организации) не позднее дня его принятия.
Типовая форма решения о проведении проверки и типовая форма мотивированного решения о расширении предмета указанной проверки утверждаются Генеральным прокурором Российской Федерации.
4. Срок проведения проверки не должен превышать 30 календарных дней со дня начала проверки. В исключительных случаях, связанных с необходимостью проведения прокурором дополнительных проверочных мероприятий в рамках указанной проверки, по решению прокурора или его заместителя срок проведения проверки может быть продлен. Срок проведения проверки может быть продлен не более чем на 30 календарных дней. При необходимости решение о последующем продлении на срок, не превышающий 30 календарных дней, может быть принято только Генеральным прокурором Российской Федерации или уполномоченным им заместителем Генерального прокурора Российской Федерации.
5. Срок проведения проверки в отношении органа (организации), осуществляющего свою деятельность на территориях нескольких субъектов Российской Федерации, устанавливается отдельно по каждому филиалу, представительству, обособленному структурному подразделению, региональному отделению органа (организации).
6. Проведение проверки по решению прокурора или его заместителя может быть неоднократно приостановлено:
при необходимости проведения сложных и (или) длительных исследований, испытаний, специальных экспертиз для получения дополнительной информации, которая может повлиять на выводы проверки, если срок их проведения выходит за пределы срока проведения указанной проверки;
если действия (бездействие) проверяемого органа (организации), препятствующие проведению указанной проверки, приводят к невозможности завершения указанной проверки в пределах срока ее проведения;
в случае непредставления истребованных информации, документов и материалов или их копий в пределах установленных для их представления сроков, что приводит к невозможности завершения указанной проверки в пределах срока ее проведения.
7. Общий срок приостановлений прокурором или его заместителем проведения проверки не может превышать шесть месяцев. В случае невозможности в течение данных шести месяцев завершить указанные в пункте 6 настоящей статьи мероприятия либо получить необходимые информацию, документы и материалы или их копии срок приостановления проверки может быть продлен по решению Генерального прокурора Российской Федерации или уполномоченного им заместителя Генерального прокурора Российской Федерации, но не более чем на шесть месяцев.
8. Проведение проверки возобновляется решением прокурора или его заместителя в случае прекращения оснований, установленных пунктом 6 настоящей статьи.
9. В срок проведения проверки не включается срок:
на который указанная проверка была приостановлена;
между датой окончания сроков для представления необходимых информации, документов и материалов или их копий, установленных абзацем первым пункта 2 и пунктом 2.1 статьи 6 настоящего Федерального закона, и датой их представления;
установленный абзацем вторым пункта 2 статьи 6 настоящего Федерального закона.
10. В случае приостановления проверки документы и материалы, изъятые у проверяемого органа (организации), возвращаются проверяемому органу (организации), за исключением случаев, если указанные документы и материалы необходимы:
для решения вопроса об уголовном преследовании;
для проведения исследований, испытаний, специальных экспертиз, результаты проведения которых могут повлиять на выводы проводимой проверки.
11. Руководитель или иной уполномоченный представитель проверяемого органа (организации) уведомляется о продлении (приостановлении, возобновлении) срока проведения проверки в течение двух дней со дня принятия решения о продлении (приостановлении, возобновлении) срока проведения указанной проверки.
12. Проведение повторной проверки в связи с теми же фактами, которым по итогам ранее проведенной проверки уже была дана или должна была быть дана правовая оценка, допускается в следующих исключительных случаях:
по новым или вновь открывшимся обстоятельствам;
по истечении установленного статьей 24 настоящего Федерального закона срока устранения нарушений закона, выявленных в ходе первоначальной прокурорской проверки.
13. К участию в проведении проверки могут привлекаться представители иных государственных органов в целях осуществления ими экспертно-аналитических функций.
14. Если в ходе проверки нарушений закона не выявлено, в десятидневный срок со дня ее завершения составляется акт по установленной Генеральным прокурором Российской Федерации форме, копия которого направляется руководителю или иному уполномоченному представителю проверяемого органа (организации).
15. Действия (бездействие) и решения прокурора, связанные с проведением проверки, могут быть обжалованы в установленном законом порядке.

Также за невыполнение законных требований прокурора предусмотрена административная ответственность:

КоАП РФ, Статья 17.7. Невыполнение законных требований прокурора, следователя, дознавателя или должностного лица, осуществляющего производство по делу об административном правонарушении

Умышленное невыполнение требований прокурора, вытекающих из его полномочий, установленных федеральным законом, а равно законных требований следователя, дознавателя или должностного лица, осуществляющего производство по делу об административном правонарушении, — влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от одной тысячи до одной тысячи пятисот рублей;на должностных лиц — от двух тысяч до трех тысяч рублей либо дисквалификацию на срок от шести месяцев до одного года; на юридических лиц — от пятидесяти тысяч до ста тысяч рублей либо административное приостановление деятельности на срок до девяноста суток.

Вообще, коллега Геннадий Кураев прав: согласно тому же закону о прокуратуре прокуратура является надзорным органом и не должен подменять полномочия иных надзорных органов. Прокуратура должны была направить обращение работника для разбирательства в трудовую инспекцию и проконтролировать проверку трудовой инспекцией. Здесь же прокуратура решила обойти трудовую инспекцию. Конечно же это неправильно. Да и незаконно. Однако предприятию от этого не легче: прокуратура или трудовая инспекция-все равно при задержке зарплаты-административная ответственность по ст. 5.27 КОАП РФ.

По сроку давности привлечения к ответственности:

Срок давности установлен ст. 4.5 КОАП РФ. Он составляет 2 месяца со дня совершения правонарушения:

Постановление по делу об административном правонарушении не может быть вынесено по истечении двух месяцев (по делу об административном правонарушении, рассматриваемому судьей, — по истечении трех месяцев) со дня совершения административного правонарушения,

Невыплата в определенный срок зарплаты длящимся правонарушением не является, поэтому срок начинает течь со следующего за установленным трудовым договором и иными локальными нормативными актами, день.