Добрый день. Да, она сможет рассчитывать на выплаты по ипотеке, вне зависимости от наличия у Вас жилого помещения. закон с этой стороны никаких препятствий не содержит.
Статья 9 профильного закона никак не связывает возможность участия в программе военной ипотеке с нуждаемостью или обеспеченностью жильем
Но, это повлияет на право получения дополняющих накоплений при увольнении, так как в этом случае уже учитывается обеспеченность жильем:
Выплата денежных средств, указанных в пункте 3 части 1 настоящей статьи, производится военнослужащим, участвовавшим в накопительно-ипотечной системе, или членам их семей, не являющимся нанимателями жилых помещений по договорам социального найма или членами семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственниками жилых помещений или членами семьи собственника жилого помещения, за исключением жилых помещений, приобретенных с использованием целевых жилищных займов в соответствии с настоящим Федеральным законом