Здравствуйте.
Во-первых, должны составляться акты, с которыми вы должны быть ознакомлены. Во-вторых, для подтверждения суммы материального ущерба в организации можно создать специальную комиссию (ст. 247 ТК РФ). Ее состав утверждает руководитель организации. Создавать комиссию целесообразно при установлении фактов хищения или злоупотребления, а также порчи ценностей.
Необходимо составить оценку ущерба, также затребовать разъяснение сотрудника. В котором вы и должны указать, что не согласны, с предъявляемыми обвинениями. В любом случае, если с вас будут удержания определенные средства, и вы не согласны с ними будете лучше обратится в инспекцию для проверки данного факта, а потом уже в суд, может инспекция будет в суде как третье лицо.