Здравствуйте.
Поскольку квартира приобретена вашей супругой до вступления в брак, квартира не является совместно нажитым имуществом. Поэтому вариант с дачей вашей супругой просто согласия вам на сдачу квартиры в аренду/наем уже не годится, т.к. такое согласие дается для распоряжения общей собственностью супругов, но не единоличной собственностью одного из супругов. Она может выдать доверенность, но тогда и доход будет у нее как у физ. лица — что уничтожает сам смысл привлекать ИП.
В данном случае есть вариант с субарендой — вы берете у жены квартиру в аренду и пересдаете. Есть вариант с договором ссуды — безвозмездного пользования. Ваша супруга дает вам квартиру в безвозмездное пользование с правом сдачи в аренду. Известны случаи, когда налоговые органы оказывались крайне недовольны такой схемой, полагая, что ИП экономит на съеме помещения за счет такой сделки, в связи с чем ему подлежит доначисление налога на внереализационный доход в виде съэкономленной стоимости аренды.
Не совсем понятен вопрос про вычеты. При сдаче квартиры в найм/аренду вычеты не предоставляются, гражданин имеет право на вычет при продаже жилого помещения в размере 1 млн. рублей, либо может вычесть из стоимости продажи расходы по покупке квартиры. Если квартира принадлежит ИП и он ее продает, право на вычеты пропадает. В Вашем случае квартира ИП не принадлежит, это добрачная собственность супруги, поэтому о продаже от имени ИП говорить неуместно.
Если имелось в виду повлияет ли сдача через ИП квартиры на возможность получения вычета — смотря как вы оформите это. Если это будет субаренда, полагаю, нет, т.к. сам собственник просто сдал квартиру в аренду и сам, непосредственно, ее в предпринимательской деятельности не использует.
Что касается вычетов, то жена их не потеряет так как не будет использовать в предпринимательской деятельности.