Коллега прав, данный вопрос законодательно не урегулирован. Все зависит от того, какие условия возврата обеспечения Вы предусмотрели в своем контракте. По мнению Минэкономразвития, «невозврат» обеспечения исполнения контракта и взыскание неустойки являются двумя самостоятельными мерами ответственности, и при нарушении условий исполнения контракта со стороны поставщика заказчик имеет право «оставить себе» обеспечение и дополнительно к этому взыскать неустойку (письмо Минэкономразвития №Д28и-2157 от 15.07.2015 г.).
Вместе с тем, полагаю, что если контрактом не предусмотрено право заказчика оставить за собой внесенные в качестве обеспечения денежные средства, их необходимо вернуть в полном объеме, а штрафные санкции удерживать из окончательного расчета с поставщиком (если это предусмотрено контрактом), либо взыскивать в судебном порядке. Вычет начисленных штрафных санкций из суммы обеспечения также, по моему мнению, должен быть предусмотрен контрактом. В противном случае действия заказчика могут быть признаны злоупотреблением правом, и его в судебном порядке могут заставить вернуть удержанные денежные средства.