Здравствуйте Натали.
Попытаться можно.
Патент Вам выдали, т.к. законом установлен исчерпывающий перечень оснований по которым можно отказать в выдаче патента.
Статья 346.45. Порядок и условия начала и прекращения применения патентной системы налогообложения
4. Основанием для отказа налоговым органом в выдаче индивидуальному предпринимателю патента является:
1) несоответствие в заявлении на получение патента вида предпринимательской деятельности перечню видов предпринимательской деятельности, в отношении которых на территории субъекта Российской Федерации в соответствии со статьей 346.43 настоящего Кодекса введена патентная система налогообложения;
2) указание срока действия патента, не соответствующего пункту 5 настоящей статьи;
3) нарушение условия перехода на патентную систему налогообложения, установленного абзацем вторым пункта 8 настоящей статьи;
4) наличие недоимки по налогу, подлежащему уплате в связи с применением патентной системы налогообложения;
(в ред. Федерального закона от 02.12.2013 N 334-ФЗ)
5) незаполнение обязательных полей в заявлении на получение патента.
Как видите, подача заявления в недействующей редакции не является основанием для отказа в выдаче патента.
Нулевую ставку Вам не поставили, т.к. в отличии от старой формы в новой форме присутствует строка
Индивидуальный предприниматель применяет налоговую ставку │ │ процентов,
└─┘ установленную
┌─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┐
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
└─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┘
┌─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┬─┐
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
└─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┴─┘
(ссылка на норму закона субъекта Российской Федерации)
При отсутствии нормы закона субъекта Российской Федерации, налоговая ставка
устанавливается в размере, предусмотренном пунктом 1 статьи 346.50 Налогового
кодекса Российской Федерации.
Однако, данная строка не является обязательной для заполнения, т.к. если Вы ознакомитесь с формой заявления, то увидите, что напротив тех строк, которые обязательны для заполнения стоит обозначение (2), которое является отсылкой к примечанию.
<2> Сведения, обязательные для заполнения, кроме случаев, когда
индивидуальный предприниматель планирует осуществлять вид предпринимательской деятельности, указанный в подпунктах 10, 11, 19, 32, 33, 45, 46 и 47 пункта 2 статьи 346.43 Налогового кодекса Российской Федерации. Указывается код Общероссийского классификатора территорий муниципальных образований ОК 33-2013 (далее — код по ОКТМО) того муниципального образования, межселенной территории, населенного пункта, входящего в состав муниципального образования по месту осуществления предпринимательской деятельности.
При заполнении «Код по ОКТМО», под который отводится одиннадцать знакомест, свободные знакоместа справа от значения кода в случае, если код по ОКТМО имеет восемь знаков, заполняются прочерками. Например, для восьмизначного кода по ОКТМО 12445698 в поле «Код по ОКТМО» записывается одиннадцатизначное значение
«12445698---».
Таким образом, вне зависимости от того, укажите Вы ставку или не укажите, Вы имеете право на освобождение от уплаты налога.
Правда начинать бы я стала не с суда, а с Минфина.
Статья 21. НК РФ Права налогоплательщиков (плательщиков сборов, плательщиков страховых взносов)
1. Налогоплательщики имеют право:
2) получать от Министерства финансов Российской Федерации письменные разъяснения по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах, от финансовых органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований — по вопросам применения соответственно законодательства субъектов Российской Федерации о налогах и сборах и нормативных правовых актов муниципальных образований о местных налогах и сборах;
Статья 32. Обязанности налоговых органов
1. Налоговые органы обязаны:
5) руководствоваться письменными разъяснениями Министерства финансов Российской Федерации по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах;
Направьте письменный запрос в Минфин, изложив ситуацию, он ответит Вам в течение 30 дней. Можно в электронном виде.http://minfin.ru/ru/appeal/
А если рассмотеть ситуацию в следующем ключе: Так как патент выдали, то думаю это может свидетельствовать о праве на ПСН . Но выдали его без нулевой ставки, на которое есть полное право. Но ИФНС не применили
п.3 ст. 346.50 НК РФ: Законами субъектов Российской Федерации может быть установлена налоговая ставка в размере 0 процентов для налогоплательщиков - индивидуальных предпринимателей, впервые зарегистрированных после вступления в силу указанных законов и осуществляющих предпринимательскую деятельность в производственной, социальной и (или) научной сферах, а также в сфере бытовых услуг населению.