Согласно п. 3 Правил, утвержденных Постановлением Правительства Российской Федерации от 03.11.2014 № 1156 «О порядке реализации права офицеров, проходящих военную службу по контракту, на обучение в гражданских профессиональных образовательных организациях или гражданских образовательных организациях высшего образования и на подготовительных отделениях таких образовательных организаций высшего образования с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения»учебные отпуска и другие социальные гарантии предоставляются офицерам при получении образования соответствующего уровня впервые, а также офицерам, направленным на обучение федеральным органом исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба.
если ВУЗ у Вас гражданский, то вероятней всего Вам просто не надо вступать в конфликт с командиром части — а распечатать данный закон и показать его юристам Вашей части, либо в отделе кадров, с указанием, что разрешение начальника части на обучение не требуется и это ВАШЕ право, поэтому просите у них совет...