здравствуйте,
поскольку Вы брали кредит на приобретение квартиры в строящемся доме, то сама квартира в залоге у банка находится не могла, ввиду её юридического отсутствия (квартира, как объект недвижимости появляется только после сдачи дома в эксплуатацию). Соответственно обеспечением кредитного обязательства являлось право требования по договору долевого участия. А теперь данное право требования прекращено в связи с его реализацией. Вам в собственность предоставлена квартира и пока обременение на квартиру в Росреестре не отражается.
В силу закона «об ипотеке»
закладная является именной ценной бумагой, удостоверяющей следующие права ее законного владельца:
право на получение исполнения по денежным обязательствам, обеспеченным ипотекой, без представления других доказательств существования этих обязательств;
право залога на имущество, обремененное ипотекой.
Т.е. данная закладная заключается с банком как раз для юридического оформления обременения (залога) на квартиру, после регистрации которой, в реестре будет поставлена отметка о наличии обременения (что сделает невозможным для Вас любое отчуждение квартиры).
Отказываться от её заключения и регистрации я бы не советовал, поскольку обычно в ипотечном договоре указывается право банка потребовать досрочного погашения кредита в случае отсутствия обеспечения (можете попробовать на этот счет Ваш договор посмотреть). Боятся её не нужно. Когда кредит будет погашен, то и закладная утратит свою силу.