Здравствуйте, Григорий!
Ну так в вашем случае проблема не в том, что налоговая преобразовала долю (2/40 ведь действительно равны 1/20), а в том, что вы в своих расчетах применяете разные налоговые ставки: 0,1% и 2%.
Разные ставки в ваших расчетах возникают из-за того, что ставка устанавливается в зависимости от суммарной инвентаризационной стоимости объектов налогообложения. Это установлено в п.4 ст.406 НК РФ.
Если ваша недвижимость находится в Краноярске, то следует руководствоваться Решеним Красноярского городского Совета «О местных налогах на территории города Красноярска» (в редакции от 25.11.2014 №В-83) №5-32 от 01.07.1997. В нем установлены такие ставки на прочие объекты в зависимости от суммарной инвентаризационной стоимости объектов налогообложения:
- На иные строения, помещения и сооружения, доли в праве общей собственности на указанное имущество — до 300 тыс. руб. (включительно) — 0,1
- На иные строения, помещения и сооружения, доли в праве общей собственности на указанное имущество — от 300 тыс. руб. до 500 тыс. руб. (включительно) — 0,3
- На иные строения, помещения и сооружения, доли в праве общей собственности на указанное имущество — свыше 500 тыс. руб. — 2
Так как у вас суммарная стоимость двух мест более 500 тыс.руб., то нужно использовать именно ставку 2. Так что налоговый орган в данном случае прав.