Должен ли я платить налог за аренду помещения для магазина в конце года?

Нет, налог должен платить арендодатель с дохода полученного в виде арендной платы с вас.

У вас есть договор? Иногда эту обязанность перекладывает собственник на арендатора.

Здравствуйте

Нет, Вы должны платить только арендную плату, уплата налога не может быть Вашей обязанностью.

ГК РФ Статья 614. Арендная плата
1. Арендатор обязан своевременно вносить плату за пользование имуществом (арендную плату).
Порядок, условия и сроки внесения арендной платы определяются договором аренды. В случае, когда договором они не определены, считается, что установлены порядок, условия и сроки, обычно применяемые при аренде аналогичного имущества при сравнимых обстоятельствах.
2. Арендная плата устанавливается за все арендуемое имущество в целом или отдельно по каждой из его составных частей в виде:
1) определенных в твердой сумме платежей, вносимых периодически или единовременно;
2) установленной доли полученных в результате использования арендованного имущества продукции, плодов или доходов;
3) предоставления арендатором определенных услуг;
4) передачи арендатором арендодателю обусловленной договором вещи в собственность или в аренду;
5) возложения на арендатора обусловленных договором затрат на улучшение арендованного имущества.
Стороны могут предусматривать в договоре аренды сочетание указанных форм арендной платы или иные формы оплаты аренды.