Добрый день,
в случае, если Вы выставите счет-фактуру с выделенным НДС, то обязаны будете его уплатить.
В соответствии с пунктом 5 статьи 173 Налогового кодекса сумма НДС, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется лицами, не являющимися налогоплательщиками в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделенной суммой налога.
Кроме того, инспекторы не позволяют включать суммы уплаченного НДС в расход, если Ваша организация на 15 %. (Можно судится, но практика не однозначная)
В письмах Минфина от 07.09.2007 г. № 03-04-06-02/188 и от 01.11.2007 г. № 03-11-04/2/269 финансисты отметили, что при исчислении налога, уплачиваемого в связи с применением упрощенной системы с объектом налогообложения в виде доходов, суммы НДС, полученные налогоплательщиком от заказчика, включаются в состав доходов. То есть, Вы фактически должны будете заплатить налог УСН с НДС. Опять же, с этим можно будет спорить в суде.