Как организовать оплату налогов, работая программистом-фрилансером?

Добрый день.
Действительно на сегодняшний день существует такая проблема и довольно распространенная, когда человек имеет доход от онлайн деятельности, получает доход на карту/кошелек физического лица и хочет с него официально платить налоги (хочет «легализоваться»), но не знает как в силу различных заблуждений (как правило совершенно необоснованных).
В основном этот вопрос касается тех, кто имеет онлайн доход, который не совсем укладывается в привычные рамки и получает доход на свою карту/кошелек физического лица, а именно он касается фрилансеров, программистов, тех, кто получает выплаты от партнерских программ, букмекерских контор онлайн, онлайн казино, онлайн покера, различных бирж, инвестиций в интернете, операций с криптовалютой, имеет доход от рекламы в интернете, тех, кто продает товары и оказывает услуги через социальные сети, а также тех, кто получает доход от иностранных компаний или иных иностранных контрагентов и т.п. 
Также еще бывают отдельно истории, когда у человека по каким-то причинам уже оказалось скоплена значительная сумма денег, но налоги с нее не были уплачены (успешно вложил деньги куда-то, либо вел совместный с партнером бизнес, но бизнес был оформлен на партнера и т.п.) и теперь человек боится тратить эти деньги, полагая (и не без оснований), что к нему могут быть предъявлены претензии.
Наиболее частыми заблуждениями здесь являются следующие:
1. Если у меня не будет договоров и иных документов с моими контрагентами, то я не смогу платить налоги и легализовать свой доход. Это совершенно не так. Да, ситуации бывают разные и нужно их смотреть индивидуально всегда, но нужно учитывать, что в подавляющем большинстве случаев отсутствие договоров и иных документов от контрагентов не является препятствием к тому, чтобы официально и легально платить налоги.
2. Если у меня множество мелких поступлений на карты/кошельки, то я не смогу платить налоги, поскольку не смогу обосновать каждую транзакцию – это также является заблуждением. Ситуации действительно бывают разные – одно дело, когда речь о легализации дохода, который клиент получает от одной компании (зарубежный работодатель, например) и другая ситуация – когда деньги идут большим количеством транзакций на карту/кошелек (в отдельных случаях зарубежный) мелкими суммами, однако и в первом и во втором случае можно работать легально и платить налоги, просто в первой и во второй ситуации будут свои особенности в плане того как это будет легализоваться.
3. Денежные средства доходят до меня непонятными путями, и налоговая обязательно докопается. Часто бывают ситуации, что, например, доход поступает от иностранного сервиса на иностранную платежную систему, после этого различными способами переводится уже на карту/кошелек российского банка или российской платежной системы – такие ситуации также не являются препятствием для легализации дохода.
4. Если я получаю доход от интернет-деятельности, то у меня отсутствует обязанность платить налоги. Как ни странно, такое заблуждение тоже существует. Здесь нужно запомнить раз и навсегда – налог по российскому законодательству (как и в большинстве других стран мира) платится с любого дохода. Не важно от какого вида деятельности Вы заработали деньги – Вы всегда обязаны платить налог с суммы своего дохода (ст. 217 НК РФ).
5. У меня большие операции по картам, но из них лишь небольшая часть является моим доходом (часто касается тех, кто инвестирует в криптовалюту, либо играет на зарубежных биржах, делает ставки в букмекерских конторах и т.п.) – если я буду платить налоги, то налоговая потребует оплаты налогов со всей суммы поступлений на карту. В рамках данного пункта все очень индивидуально. Действительно в отдельных случаях это может быть проблемой, но в большинстве ситуаций есть варианты как платить налог все-таки только с суммы своего реального дохода, а не со всего оборота.
6. Если я буду официально оформлять свой доход, то мне потребуется вести какой-то сложный учет, иметь кучу бумаг и вообще все это занимает множество времени. На самом деле это не так в подавляющем большинстве случаев. В отдельных ситуациях и до определенных сумм дохода можно вообще спокойно платить налоги как физическое лицо и не открывать ИП/ООО. В тех же ситуациях, когда все-таки нужно открыть ИП/ООО – в 99% случаев не требуется вести какого-то сложного учета.
7. Если я не буду платить налоги – мне ничего не грозит. Об этом заблуждении речь пойдет дальше.
Таким образом, существует достаточное количество заблуждений, который препятствуют тому, чтобы человек все-таки начал платить законно установленные налоги и спать спокойно. Однако на самом деле в каждой ситуации можно решить вопрос с тем, чтобы легализовать свою деятельность, платить налоги и не иметь никаких претензий со стороны налоговых органов и банков, не перегружая себя при этом заполнением большого количества бумаг, просто нужно к каждому случаю подходить индивидуально и действовать в зависимости от конкретной ситуации.
Что касается вариантов легализации дохода, то их несколько:
1. Как физ. лицо — через подачу 3 НФДЛ — тут есть свои особенности и по заполнению 3 НДФЛ (в частности указание источника дохода и т.д.) и по ограничениям, к примеру, если Вы подадите декларацию 3 НДФЛ и укажите довольно большой доход в 10-20 млн. руб., то к Вам может возникнуть множество вопросов, в частности на практике встречаются случаи, что налоговые проверяют таких физ. лиц на предмет ведения незаконной предпринимательской деятельности. Вариант подходит не всегда и не всем, надо к нему подходить аккуратно.
В этом варианте также очень много нюансов по 115-ФЗ «О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма» от 07.08.2001, так как обычно деньги проходят через личные счета/карты физ. лица. Сложность в том, что банки могут заблокировать Ваши карты/кошельки и внести в черный список ЦБ, если Вы не будете соблюдать требования 115-ФЗ и разъяснения Центрального банка на этот счет (на этот счет есть довольно много информации, которую нужно знать, здесь я не буду все описывать, но, если будет нужно – с радостью поделюсь указанной информацией отдельно).
2. Как ИП/ООО. В рамках данного варианта существует достаточно много «подвариантов», используются разные способы работы и т.д. В двух словах все не опишешь, в целом вариант обычно используется если обороты достаточно большие, либо вариант отчетности по 3 НДФЛ не подходит по иным причинам. Конкретизировать в рамках общей консультации тут сложно, поскольку вариантов очень много – все зависит от того о каких оборотах идет речь, как идут поступления, от какого количества лиц и т.п.
3. Также для отдельных случаев используется вариант уплаты налогов, связанный с использованием компании, открытой в других странах (многие называют это офшором, однако надо понимать, что схема применяется не с целью уклонения от уплаты налогов, а наоборот с целью уплаты всех налогов в РФ, то есть ведения полностью законной деятельности).
То есть цель такого варианта — последующая легализация дохода от деятельности иностранной компании в РФ, по итогу все налоги оплачиваются в РФ (либо часть налогов платится в РФ, часть в стране юрисдикции компании, зависит от страны). Здесь большое значение имеет выбор юрисдикции (в каждой стране свои нюансы), а также от взаимоотношений этой страны с Россией (наличие или отсутствие договора об избежании двойного налогообложения и т.п.).
Отмечу, что многие изучив базовую информацию по возможности легализации своего дохода приходят к выводу о том, что все довольно сложно и рискованно и остаются в «серой» зоне, однако нужно отметить, что уклонение от уплаты налогов может повлечь за собой довольно неприятные последствия:
1. Надо понимать, что если говорить о более-менее серьезных доходах, то рано или поздно они приведут к приобретению регистрируемых покупок (квартиры, авто и т.п.) – и в этих случаях шанс на то, что налоговая выявит Ваши доходы значительно выше. 
ГИБДД и Росреестр передают информацию в налоговые органы о покупках для целей контроля уплаты транспортного налога и налога на имущество, при этом налоговый инспектор при получении информации о приобретениях вполне может поинтересоваться откуда деньги на такие покупки и если официального подтвержденного дохода не будет, то могут возникнуть к Вам вопросы.
У налоговой есть и другие механизмы по выявлению «серых» доходов и, хотя целенаправленной работы в этом направлении сейчас налоговая, как правило, не ведет, риски того, что налоговая все-таки обнаружит Ваши доходы безусловно, есть.
2. Также в отдельных случаях банк вправе затребовать от Вас подтверждение легального источника происхождения денежных средств и, если Вы не платите налоги, банк в отдельных случаях имеет право вплоть до того, чтобы отказать Вам в выдаче денежных средств до предоставления документов, подтверждающих их легальное происхождение.
Например, есть такая практика, когда приносишь в банк вклад. Сотрудники банка с улыбкой без всяких вопросов принимают у Вас деньги. Далее проходит условно год (срок вклада) и наступает время забирать вклад. И тут все и начинается – Вы приходите забирать вклад, а банк спрашивает у Вас мол где документы, подтверждающие законность происхождения денежных средств. Вы конечно можете махать шашкой и ругаться, мол Вы же изначально не спрашивали и т.п., однако дело в том, что банки пользуются нормами 115-ФЗ, в соответствии с которыми, когда Вы вносите деньги на счет/карту/во вклад банка (за исключением вкладов в пользу третьих лиц), то банк здесь ничего проверять не должен, так как здесь не может быть отмывания денежных средств, а когда Вы снимаете деньги со счета/карты/вклада, то у банка уже появляется право проверить легальность происхождения данных денег.
Аналогичным образом банк может отказать в снятии денежных средств со счета/карты. 
Это возможно далеко не во всех случаях (только при определенных оборотах) и происходит не часто, но тем не менее такое периодически случается, в том числе такие ситуации доходили до Верховного суда.
3. Ну и ко всему прочему не стоит забывать про ст. 198 Уголовного кодекса РФ – «Уклонение физического лица от уплаты налогов» — если Вы за 3 года заработаете сумму свыше 6,9 млн. руб. и не оплатите с нее налоги, то у Вас есть хорошие шансы попасть под уголовную ответственность.
Более того, еще есть ст. 171 Уголовного кодекса РФ, которая предусматривает уголовную ответственность за незаконное предпринимательство – в рамках этой статьи уже при незадекларированном доходе всего 2 млн. 250 т.р. можно попасть под уголовную ответственность.
Отмечу, что, если что-то останется непонятным более подробную устную или письменную консультацию по наиболее оптимальной схеме легализации дохода от Вашего вида деятельности, в том числе с конкретными примерами из практики (включая судебную) и с описанием каждого варианта Вы всегда можете получить, обратившись ко мне в чат (кнопка «общаться в чате» возле фотографии аккаунта).
С Уважением, 
Васильев Дмитрий.