Возможно отсутствие надлежащего учета объектов налогообложения, ведение учета с нарушением установленного порядка (отсутствие налоговых регистров по учету доходов и расходов, отсутствие раздельного учета между двумя налоговыми режимами — общим и ЕНВД), послужило основанием для применения инспекцией в силу подпункта 7 пункта 1 статьи 31 НК РФ в ходе проверки расчетного метода исчисления налогов за проверяемый период.
Согласно ст. 120 НК РФ грубое нарушение правил учета доходов и (или) расходов и (или) объектов налогообложения, если эти деяния совершены в течение одного налогового периода, при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренного пунктом 2 настоящей статьи влечет по ч. 1 взыскание штрафа в размере десяти тысяч рублей.
По ч. 3 те же деяния, если они повлекли занижение налоговой базы, влекут взыскание штрафа в размере двадцати процентов от суммы неуплаченного налога, но не менее сорока тысяч рублей.
Либо просто за неуплату или неполную уплату сумм налога (сбора) в результате занижения налоговой базы, иного неправильного исчисления налога (сбора) или других неправомерных действий (бездействия), если такое деяние не содержит признаков налоговых правонарушений, предусмотренных статьями 129.3 и 129.5 настоящего Кодекса взыскание штрафа в размере 20 процентов от неуплаченной суммы налога (сбора) в силу ст. 122 НК РФ.
Все зависит от конкретных обстоятельств.
Если есть письма от контрагентов, о том, что была допущена ошибка, то решение налоговой можно будет обжаловать.
Об этом свидетельствует судебная практика, так согласно Постановлению ФАС Западно-Сибирского округа от 23.12.2010 по делу № А75-12877/2009:
Кроме этого приведу несколько аргументов, в защиту Вашей позиции:
Я оказывала транспортные услуги, а в назначение платежа экспедиционно-транспортные. Я сдала в налоговую Акты, договора и письма от контрагентов, где написано транспортные услуги! На что мне говорит налоговик, что она не может не начислить НДС, хотя я на ЕНВд. была. И что мне делать?