Здравствуйте!
В данном случае, чтобы не платить ЕНВД и не иметь "разборок" с ИФНС, Вам нужно подать заявление на снятие с учета плательщика налога в виду прекращения деятельности. За период до снятия с учета Вам придется ЕНВД оплатить, так как приостановления течения срока налогового периода в виду нетрудосспособности налогоплательщика ЕНВД, НК РФ не содержит. Кроме того, не забывайте, что помимо отчетности по налогам сохраняется обязанность по установленным формам и в установленные сроки осуществлять перечисления социального налога в пенсионный фонд РФ и ФСС РФ (ч. 9 ст. 15 Федерального закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ "О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования и территориальные фонды обязательного медицинского страхования").
Тем не менее, суды в некоторых случаях признавали право ИП не уплачивать страховые взносы, если у них не было возможности сняться с учета в качестве индивидуального предпринимателя. К таким случаям, в частности, относятся длительная болезнь (Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 08.07.2008 по делу N А63-6924/2007-С7-31). Поэтому индивидуальные предприниматели, у которых имеются подобные обстоятельства, могут попытаться отстоять свою позицию, но скорее всего только через суд, имея на руках уже присланное требование из Пенисонного фонда РФ и необходимости произвести оплату страховых пенсиконных взносов.
Также хочу заметить, что шанс избежать оплаты налогов по исчислению ЕНВД все же имеется. Если торговлю Вы ведете , не имея наемных работников, то за период Вашей болезни налог можно не уплачивать, если имеется в наличии больничный лист, подтверждающий период заболевания, а также договор аренды (субаренды) помещения, в котором осуществлется Ваша деятельность. При предоставлении налоговой декларации за соответствующий период приложите копии данных документов к декларации и укажите 0-е показатели в доходной части относительно периода Вашей болезни. (При корректировке коэффициента К2 с учетом фактического периода ведения деятельности данные документы подтвердят факт временного приостановления деятельности, подлежащей обложению ЕНВД). По дополнительным вопросам обращайтесь, желаю Вам всего доброго и выздоровления!