Что мне положено после увольнения по состоянию здоровья?

Здравствуйте. Вас негодным или ограниченно годным признали, вот это важный момент, так как:

Федеральный закон от 20.08.2004 N 117-ФЗ
(ред. от 01.05.2016)
«О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»

Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:
2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:
б) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;
(пп. «б» в ред. Федерального закона от 04.12.2007 N 324-ФЗ)
4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.

Статья 15. Особенности погашения целевого жилищного займа
2. При досрочном увольнении участника накопительно-ипотечной системы с военной службы, если у него не возникли основания, предусмотренные пунктами 1, 2 и 4 статьи 10 настоящего Федерального закона, начиная со дня увольнения по целевому жилищному займу начисляются проценты по ставке, установленной договором о предоставлении целевого жилищного займа. При этом уволившийся участник накопительно-ипотечной системы обязан возвратить выплаченные уполномоченным федеральным органом суммы в погашение целевого жилищного займа, а также уплатить проценты по этому займу ежемесячными платежами в срок, не превышающий десяти лет. Процентный доход по целевому жилищному займу является доходом от инвестирования. Проценты начисляются на сумму остатка задолженности по целевому жилищному займу.

То есть от того что с здоровьем зависит будете платить или нет ипотеку.

Квартиру не заберут, если будете платежи вносить по ипотеке.