Добрый день!
Если в Договоре купли-продажи не установлено, что Вы обязаны выставить покупателю Счет, который будет являться основанием для оплаты, то обязанность и основание для оплаты является Договор купли-продажи и факт передачи товара, в Вашем случае накладная.
см. ст. 454, 486, 487 ГК РФ.
Счет является документом, выдаваемым поставщиком покупателю с предложением осуществить платеж за определенные материальные ценности (работы, услуги). Но форма Счета и обязанность его предоставления покупателю законодательством РФ не установлена (за исключением счет-фактур). В основном счет используется для указания Ваших реквизитов и удобства в расчетах.