На основании агентского договора физическое лицо должен платить НДФЛ?

Здравствуйте! Налог платите Вы, но удерживает и перечисляет его за Вас налоговый агент.

«1. Российские организации, индивидуальные предприниматели, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в Российской Федерации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 настоящей статьи, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 настоящего Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных настоящей статьей.» ст. 226 НК РФ.

Но т.к. агент за Вас этого не делает, то Вы должны самостоятельно перечислить НДФЛ в бюджет, а также подать декларацию.

1. Исчисление и уплату налога в соответствии с настоящей статьей производят следующие категории налогоплательщиков:
4)физические лица, получающие другие доходы, при получении которых не был удержан налог налоговыми агентами ст. 228 НК РФ.

У организации могут возникнуть проблемы:

Неправомерное неудержание и (или) неперечисление (неполное удержание и (или) перечисление) в установленный настоящим Кодексом срок сумм налога, подлежащего удержанию и перечислению налоговым агентом,
влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от суммы, подлежащей удержанию и (или) перечислению. ст. 123 НК РФ.