Как определить правомерность претензий работодателя?

Анатолий, здравствуйте!

есть ли такая статья в ТК РФ, и если есть, применима ли она в ее случае?
Анатолий

да, есть

7) совершения виновных действий работником, непосредственно обслуживающим денежные или товарные ценности, если эти действия дают основание для утраты доверия к нему со стороны работодателя;
ст. 81, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 30.12.2015) {КонсультантПлюс}

однако работодатель не вправе повторно наказывать за одно и тоже нарушение, а дисциплинарное наказание уже было — выговор.

За каждый дисциплинарный проступок может быть применено только одно дисциплинарное взыскание.
ст. 193, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 30.12.2015) {КонсультантПлюс}

кроме этого, даже при нарушении Вашей женой трудовой дисциплины ее нельзя уволить, т.к. она беременна

Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.

ст. 261, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 30.12.2015) {КонсультантПлюс}