Могу ли потребовать неустойку с заказчика за несвоевременны возврат документов?

потребовал предоставить КС-2 и КС-3 и только потом принял накладные.

Если принял заказчик докумнты, значит расписался в получении документов.Подрядчик, как правило, себе экземпляр документов оставляет.

Позиция ВС РФ: Факт выполнения работ подрядчиком может
доказываться не только актами выполненных работ
Применимые нормы: п. 4 ст. 753 ГК РФ, ст. 68 АПК РФ

Определение
Верховного Суда РФ от 30.07.2015 по делу N 305-ЭС15-3990, А40-46471/2014
(Судебная коллегия по экономическим спорам)
Гражданско-правовое регулирование отношений сторон в сфере
подряда и сложившаяся в правоприменительной практике правовая позиция позволяют заключить следующее: сдача заказчику результата работ является основанием для возникновения обязательства его оплатить. Акты выполненных работ хотя и являются наиболее распространенными в гражданском обороте документами, фиксирующими выполнение подрядчиком работ, однако не выступают единственным средством
доказывания соответствующих обстоятельств. Статьей 68
{Позиция ВС РФ: Факт выполнения работ подрядчиком может доказываться не только актами выполненных работ Определение Верховного Суда РФ от 30.07.2015 по делу N 305-ЭС15-3990, А40-46471/2014 Применимые нормы: п. 4 ст. 753 ГК РФ, ст. 68 АПК
РФ {КонсультантПлюс}}

КонсультантПлюс, 23.03.2016

Позиция ВС РФ, ВАС РФ: При отказе заказчика по договору
строительного подряда от оплаты работ, выполнение которых подтверждено
односторонним актом, суд должен рассмотреть доводы заказчика, отказавшегося от подписания акта
Применимые нормы: п. 4 ст. 753 ГК РФ

Пункт 14 Информационного письма Президиума ВАС РФ от 24.01.2000 N 51
Оформленный в одностороннем порядке акт приемки результата
работ является доказательством исполнения подрядчиком обязательства по договору. При отказе заказчика от оплаты на суд возлагается обязанность
рассмотреть доводы заказчика о его отказе от подписания акта.