Добрый день, Денис!
Даже несмотря на то, что сделка была реальной, товар вы получили, оплату произвели и у вас имеются все документы на руках, отсутствие контрагента в ЕГРЮЛ является основанием для отказа в вычете НДС.
ФНС России в Письме от 16.03.2015 N ЕД-4-2/4124 рекомендует проявлять должную осмотрительность при выборе контрагента:
Следует отметить, что при заключении сделок налогоплательщикам в первую очередь необходимо учитывать положения Конституции Российской Федерации и Гражданского кодекса Российской Федерации. В силу принципа свободы экономической деятельности налогоплательщик осуществляет предпринимательскую деятельность самостоятельно на свой риск.
Следовательно, именно на этапе выбора поставщиков необходимо проверять их юридический статус и деловую репутацию, проявляя тем самым должную осмотрительность.
Об этом же говорится и в письме ФНС России от 30.11.2012 N ЕД-4-3/20268@.
Если же вы проявили должную осмотрительность и на момент сделки контрагент был реально действующей организацией, был включен в ЕГРЮЛ, то вы можете попытаться отстоять свою правоту только в судебном порядке.
Большое спасибо за ответ