Как забрать трудовую? Имеет ли право подать на меня в суд, если я не выплачу недостачу?

Добрый день, Марина.
Прежде всего хочу заметить, что из написанного Вами следует, что официально Вы не были оформлены.
Если у Вас есть экземпляр трудового договора, на его основании Вы можете обязать работодателя внести запись в трудовую книжку, а также перечислить НДФЛ, который видимо с Вас удерживали все это время.
Что касается недостачи.
Если Товар передавался Вам после совместно проведенной ревизии под роспись, а также с Вами был заключен договор о полной материальной ответственности, то работодатель может предъявить Вам возникшую недостачу к возмещению, при условии, что финальная ревизия также проводилась при Вашем участии.
В данном случае вариантов несколько. Если никаких документов, подтверждающих материальную ответственность нет, работодатель не в праве требовать с Вас возмещения. Вы в праве потребовать трудовую книжку. Если работодатель не отдает трудовую книжку Вы в праве обратиться в трудовую инспекцию.