Как закрыть договор в реестре контрактов?
Добрый день! Ситуация: Договор (коммуналка) за 2015 год. В январе 16 года пришел счет на оплату, в котором сумма оплаты превышает сумму самого договора, но не больше 10%. Договором изменение цены в пределах 10% не предусмотрено. Счет бухгалтерия оплатила по акту сверки (ссылка на договор в акте присутствует). Платеж проведен...
Как закрывать договор в такой ситуации?

Проблема в том, что договор уже оплачен вместе с задолженностью.
Вот это вы зря сделали. На такой стадии можно только сделать небольшие изменения в текстовке контракта, добавить 10%, сделать задним числом допсоглашение, заменить документы в реестре контрактов путем внесения изменения в сведения. Но это незаконно, посоветовать так сделать я Вам не могу.
Как бухгалтерия оплатила что-то по простому акту сверки без дополнительного соглашения? К Вам вопрос — как Казначейство пропустило такую оплату? Теоретически — если под данный контракт в казначействе нет лимитов, то пропустить оплату сверх цены контракта, то оплата пройти не должна. Может бухгалтерия оформила проводку, а Казначейство еще не отправило деньги и еще можно это отменить.