Здравствуйте Александр!
Обособленное подразделение (так же как и ККМ) регистрируются в той ИФНС на территории которой осуществляется деятельность.
«Налоговый кодекс Российской Федерации (часть первая)» от 31.07.1998 N 146-ФЗ (ред. от 29.12.2015)
Статья 83. Учет организаций и физических лиц
(в ред. Федерального закона от 23.12.2003 N 185-ФЗ)
1. В целях проведения налогового контроля организации и физические лица подлежат постановке на учет в налоговых органах соответственно по месту нахождения организации, месту нахождения ее обособленных подразделений, месту жительства физического лица, а также по месту нахождения принадлежащих им недвижимого имущества и транспортных средств и по иным основаниям, предусмотренным настоящим Кодексом.
(в ред. Федеральных законов от 09.07.1999 N 154-ФЗ, от 23.12.2003 N 185-ФЗ, от 27.07.2006 N 137-ФЗ, от 27.07.2010 N 229-ФЗ)
Организации, в состав которых входят обособленные подразделения, расположенные на территории Российской Федерации, подлежат постановке на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Приказ Минфина России от 29.06.2012 N 94н (ред. от 27.08.2014) «Об утверждении Административного регламента предоставления Федеральной налоговой службой государственной услуги по регистрации контрольно-кассовой техники, используемой организациями и индивидуальными предпринимателями в соответствии с законодательством Российской Федерации» (Зарегистрировано в Минюсте России 17.09.2012 N 25479)
21. Контрольно-кассовая техника, подлежащая применению обособленным подразделением заявителя-организации, регистрируется в территориальном налоговом органе по месту нахождения данного обособленного подразделения.
Территориальные налоговые органы регистрируют контрольно-кассовую технику заявителя-организации, осуществляющего деятельность через обособленные подразделения, находящиеся на территории одного муниципального образования, городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, и которые подведомственны разным территориальным налоговым органам, в территориальном налоговом органе по месту нахождения одного из обособленных подразделений, в котором заявитель-организация поставлена на налоговый учет.
Что касается налогов, то тут их несколько и платятся они по разному
НДФЛ за работников — платится по месту нахождения обособленного подразделения, при любой системе налогообложения
Остальные налоги платятся в зависимости от вашей системы налогообложения
1. Если вы на ОСНО
Налог на прибыль:
федеральная часть — по месту нахождения головной организации
региональная часть — по месту нахождения обособленного подразделения
НДС — по месту нахождения головной органзации
Налог на имущество — по месту нахождения обособленного подразделения
2. Если вы на УСН — по месту нахождения головной органзации
3. Если вы на ЕНВД — по месту обособленного подразделения
Все налоги ОП может платить в свою налоговую.
Так же по месту нахождения ОП.
Вот по ссылке посмотрите, все подробно расписано
www.regberry.ru/obosoblennoe-podrazdelenie