Здравствуйте! Согласно п. 5 ст. 217.1 НК РФ
В случае, если доходы налогоплательщика от продажи объекта недвижимого имущества меньше, чем кадастровая стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект недвижимого имущества, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, в целях налогообложения налогом доходы налогоплательщика от продажи указанного объекта принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на соответствующий объект недвижимого имущества, умноженной на понижающий коэффициент 0,7.
Согласно п. 3 ст. 4 Федерального закона от 29.11.2014 N 382-ФЗ
Положения статьи 217.1 части второй Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона) применяются в отношении объектов недвижимого имущества, приобретенных в собственность после 1 января 2016 года.
То есть, при продаже квартиры менее миллиона используете налоговый вычет на продажу подачей налоговой декларации 3 НДФЛ, чем уменьшите сумму дохода до нуля.